在生物安全柜，一般都会建议使用者不使用明火，这是有原因的，原因有三：
如果火焰熄灭并且供气阀保持打开，则可燃气体将不受限制地引入机柜，在A2生物安全柜中，生物安全柜中70％的空气被再循环，可燃气体的浓度可能达到爆炸性潜力，不仅对生物安全柜本身，而且对用户和实验室构成严重风险。
如果明火变得太热，还具有熔化粘合剂的能力，该粘合剂将过滤介质保持在其框架上，破坏了HEPA过滤器的有效性，导致正压通风系统中的安全壳损失。
II类生物安全柜通过在机柜的工作区域上传递向下层流气流（以恒定速度单向行进的空气，没有湍流）来维持样品保护，热空气上升，因此任何明火都会使空气上升到层流下降，产生湍流并阻碍BSC保护工作区域样品的能力。
